机械电子系主要设置机械制造、电工电子两大类专业，其中机械制造类专业开设于1978年9月，电工电子类专业开设于1995年9月。通过三十多年的探索，专业建设与人才培养模式日渐成熟，逐步实现了学业与职业的高度融合，职业技能和职业精神高度契合，为三峡库区乃至全国的经济发展培养了10000余名实用技能型人才。2013年整合三校的机械类、电子类专业，整合后开设的专业有数控技术应用、模具设计与制造、电子技术应用、机电设备安装与维修、工业机器人应用与维修等专业。其中数控技术应用专业是学院重点建设专业，也是重庆市市级示范学校项目建设示范专业。本系的数控车工、维修电工、焊工等工种被列入国家级高技能人才培训基地建设项目，承担万州及库区周边区县相关企业员工研修、技能培训任务。本系采用“工学结合，产训对接”人才培养模式，将企业典型产品引入到实训教学任务，实现“工作与学习，生产与实训”一体，从而提高学生的产品质量意识和实践能力。